離子色譜柱主要用于環境樣品的分析，包括地面水、飲用水、雨水、生活污水和工業廢水、酸沉降物和大氣顆粒物等樣品中的陰、陽離子，與微電子工業有關的水和試劑中痕量雜質的分析。

　　離子色譜柱的工作過程是:泵將流動相以穩定的流速(或壓力)輸送至分析體系,在色譜柱之前通過進樣器將樣品導入,流動相將樣品帶入色譜柱,在色譜柱中各組分被分離,并依次隨流動相流至檢測器,抑制型離子色譜則在電導檢測器之前增加一個抑制系統,即用另一個壓泵將再生液輸送到抑制器,在抑制器中,流動相的背景電導被降低,然后將流出物導入電導檢測池,檢測到的信號送至數據系統記錄、處理或保存。非抑制型離子色譜柱不用抑制器和輸送再生液的壓泵,因此儀器的結構相對要簡單得多,價格也要便宜多。

　　離子色譜柱常見的問題如下：

　　a.柱壓升，檢查流路沒有阻塞的前提下，更換色譜柱過濾網板，一般情況下更換保護柱進口端的網板。

　　b.分離度降低，可以是由于色譜柱的柱效降低或選擇改變所引起的，可以通過適合的清洗對離子色譜柱進行清洗，或者改變離子色譜的流動相來改善分離。

　　c.死體積增大，由于分離柱入口樹脂壓力使樹脂造成空隙或者樹脂壓碎而成，使離子色譜分離度下降、分叉等，這時可以填充相同類型的樹脂和惰球樹脂球以減少死體積。

　　而對于受污染的離子色譜柱，一般要進行清洗，清洗前一定要將色譜柱與抑制器斷開，保護柱和分離柱分開清洗，或者將保護柱接在分離柱之后進行清洗。