1、在使用前，一定要注意色譜柱的儲存液與要分析樣品的流動相是否互溶。在反相色譜中，如用濃度的鹽或緩沖液作洗脫劑，應用 10 ％左右的低濃度的有機相洗脫劑過渡一下，否則緩沖液中的鹽在濃度的有機相中容易析出，堵塞色譜柱。
  2、流動相中所使用的各種有機溶劑要盡可能使用色譜純，配流動相的水盡量是純水或玻璃器皿的雙蒸水。如果將所配得流動相再經過 0.45μm 的濾膜過濾一次則較好，尤其是含鹽的流動相。另外，裝流動相的容器和色譜系統中的在線過濾器等裝置應該定期清洗或更換。當必須要在 PH 值適用范圍的邊界條件下使用色譜柱時，每次使用結束后立即用適合于色譜柱儲存并與所使用的流動相互溶的溶劑清洗，并*置換掉原來所使用的流動相。

  3、樣品也要盡可能清潔，可選用樣品過濾器或樣品預處理柱（SPE）對樣品進行預處理；若樣品不便處理，要使用保護柱。在用正相色譜法分析樣品時，的溶劑和樣品應嚴格脫水。