色譜柱使用一段時間后，常遇到柱子被污染，柱效會有一定程度的下降，采用適當的方法對色譜柱進行保護，可以延長色譜柱的使用壽命。

　　樣品和流動相的處理：溶解的樣品進樣前用濾膜過濾以除去不溶物。如果必要，需進行樣品的預處理。流動相中如有不純物質將影響柱效，所以溶劑盡量使用色譜級別的，至少是分析純級別,流動相使用前用微孔薄膜過濾。在流動相的管前安裝過濾器，過濾器定期用甲醇聲清洗，如果效果不好，可用10%的稀硝酸浸泡清洗。對于堵塞嚴重的過濾器，可在火焰上灼燒后再清洗。

　　保護柱(預柱)的使用：對于較昂貴的色譜柱，可以在柱前加一保護柱，防止樣品中雜質污染分析柱，對于制備柱，因其進樣量大，使用保護柱尤為重要。

　　常規處理：硅膠、氧化鋁、性鍵合相色譜柱每一次用完后用低流速長時間的二氯甲烷或正己烷等溶劑沖洗。鍵合相硅膠色譜柱、離子交換色譜柱和凝膠色譜柱用蒸餾水沖洗，再用甲醇沖洗，然后用甲醇與蒸餾水以一定比例混合的溶液沖洗后過夜。

　　對于已使用一段時間后柱效下降的色譜柱可按以下方法進行再生：再生處理包括活化(右→左)和凈化(左→右)兩種。硅膠、氧化鋁、性鍵合相色譜柱按下列順序沖洗：*基戊烷或己烷←→三氯乙烷←→乙酸乙脂←→丙酮←→乙醇←→水。鍵合相硅膠柱：蒸餾水←→甲醇(沖洗過程中可加入少量二甲基甲酰胺)。離子交換樹脂柱：濃度的NaCl溶液(1-2molL的NaCl溶液)可使大部分樹脂再生，油脂等少數與樹脂緊密結合的物質可用低濃度堿溶液(如0.1molL的NaOH溶液)沖洗，酸性有機物吸附在固定相的用低pH緩沖液沖洗，堿性有機物用pH緩沖液沖洗，然后再用蒸餾水←→甲醇←→二氯甲烷←→甲醇←→蒸餾水沖洗。

　　凝膠色譜柱：由于凝膠色譜柱是根據被分離物質的分子量大小而分離物質，通常用稀的氫氧化鈉或非離子型去垢劑(0.2%-1%NP-40或Lubrol)沖洗可除去大部分的結合物質，如果一些污染物仍然不能清除時，用24%或30%乙腈沖洗過夜可除去疏水蛋白，用30%-50%乙酸可除去親水蛋白，用蛋白水解酶處理可分解凝膠中剩余的痕量胃蛋白酶，然后再用蒸餾水←→甲醇←→蒸餾水沖洗。

　　已污染的色譜柱的處理：因保留的物質污染，流動相或樣品中不溶物沉積于柱頭，可用下列方法洗滌：去除脂類可用四氫呋喃、乙腈或甲醇洗滌；去除蛋白質可用乙腈、丙醇和1%三氯乙酸進行梯度洗脫；一些疏水性化合物可用乙腈或甲醇洗脫，同時反復注入100-200ml的四氫呋喃。

　　柱頭處理：對于柱頭堵塞污染嚴重的情況而且用溶劑沖洗無效的色譜柱，只有打開柱子去除柱頂的填料重裝：拆下不銹鋼燒結過濾器，檢查柱床，常見凹陷或受污染的帶色填料，剔去不規則床層和帶色填料，使柱床顯白色并*水平，再用甲醇作糊狀填料勻漿液，將糊狀填料勻漿液滴在柱上靠重力從勻漿液中排出甲醇液，重復直到填料水平。

　　柱子的貯存：首柱子必須清洗干凈后才能貯存，柱子不能貯存在水或水性溶劑中，否則會引起微生物的滋生。性色譜柱可用適當溶劑如二氯甲烷沖洗；鍵合相色譜柱用甲醇沖洗；陰離子交換色譜柱用0.002%洗必泰(雙氯苯雙胍己烷)的緩沖液沖洗；陽離子交換色譜柱用0.005%硫柳汞緩沖液沖洗；凝膠色譜柱用緩沖液中加0.02%*或用20%乙醇沖洗。再將柱子兩頭密封，以防止溶劑蒸發使柱子干燥而引起柱子結構的幾何學改變。